En cas d’arrêt maladie pendant les congés payés, les jours doivent être reportés : une obligation désormais opposable à l’employeur

Lorsqu’un salarié tombe malade pendant ses congés payés et que cette maladie justifie un arrêt de travail, les jours concernés ne peuvent plus être déduits de son solde de congés. Ils doivent être reportés et pris ultérieurement, une fois le salarié rétabli.

Cette évolution, issue de la jurisprudence européenne et confortée par une procédure d’infraction ouverte à l’encontre de la France par la Commission européenne le 18 juin 2025, impose aux employeurs d’adapter leurs pratiques.

Une position européenne claire : le salarié malade pendant ses congés doit pouvoir les reprendre plus tard

Selon la Cour de justice de l’Union européenne, le droit au congé annuel payé a pour finalité de permettre au salarié de se reposer, tandis que le congé maladie vise à favoriser son rétablissement. Ces deux droits poursuivant des objectifs distincts, le salarié malade pendant ses congés doit pouvoir bénéficier ultérieurement de ses jours de congé, sans que ceux-ci soient considérés comme pris.

La directive européenne 2003/88/CE s’oppose donc à toute disposition nationale empêchant ce report. La France, mise en demeure de se conformer à cette exigence, doit adapter sa législation. En attendant cette réforme, la jurisprudence européenne est d’application directe devant les juridictions françaises.

Ce que cela change concrètement pour l’employeur :

Lorsque le salarié justifie d’un arrêt maladie couvrant une période initialement prévue en congés payés, l’employeur doit :

• Reporter les jours de congés correspondants ;
• Mettre à jour le compteur de congés payés ;
• Permettre au salarié de prendre ultérieurement ces jours dans le délai applicable dans l’entreprise (généralement jusqu’au 31 mai de l’année suivante, sauf disposition conventionnelle différente).

L’employeur a également l’obligation d’informer le salarié, dans le mois suivant la reprise du travail :

• Du nombre de jours de congés dont il dispose encore ;
• Et de la date limite jusqu’à laquelle ils peuvent être pris.

Cette information doit être transmise par un moyen conférant date certaine, tel qu’une mention sur le bulletin de paie ou un courrier formel.

Les points de vigilance pour les entreprises

• Procédures internes : le service RH doit recenser les arrêts maladie survenus pendant les congés et ajuster les compteurs.
• Information du salarié : une communication claire évite tout litige relatif à la perte de jours de congé.
• Documents internes : il est recommandé de mettre à jour le règlement intérieur ou les notes de service pour préciser les modalités de report.
• Organisation du travail : en période de forte activité ou de fermeture, ces reports peuvent affecter la planification des congés.

Un enjeu juridique et organisationnel majeur

Le report des congés payés en cas d’arrêt maladie s’impose désormais à tous les employeurs. Son non-respect expose à des risques contentieux pour violation du droit fondamental au repos.

Les entreprises doivent donc, sans attendre la modification formelle du Code du travail, sécuriser leurs pratiques internes et informer leurs salariés de manière conforme aux exigences européennes.

Références principales

• Directive 2003/88/CE du 4 novembre 2003 relative à l’aménagement du temps de travail
• CJUE, 10 septembre 2009, aff. C-277/08
• Lettre de mise en demeure de la Commission européenne adressée à la France le 18 juin 2025 (procédure INFR 4012/2025)
• Articles L. 3141-1 et suivants du Code du travail